最初，计算机软件被认为是一种思维步骤或算法，不能成为专利法的保护客体。但人们逐渐认识到当计算机软件同硬件设备结合为一个整体，软件的运行对硬件设备带来影响时，因整体中含有计算机软件而将这一整体排除在专利法保护客体之外显然是不合适的，比如一个由微电脑控制的微波炉若其具有实用性、新颖性、创造性，就不能因为微电脑中使用了软件而不授予其专利权。1984年美国律师施布罗就发表了一篇题为《向数学信息系统专有权保护的统一理论迈进——避免硬件与软件之间人为的界线》的论文，⑦以表明应将软件并入硬件保护法中进行保护的观点。文中提出了五个观点，阐明了在功能上计算机软件与硬件的实质是同一的，因此在保护方式上也不应再划分界线，而且他指出对软件进行新颖性、实用性审查的困难也会随着审查技术的发展被克服，更重要的是他指出把软件排斥在专利保护之外，可能在今后一段时期内，使专利法的作用被版权法或软件专门法所取代。事实上在美国，由专利法保护软件也经历了30多年的发展。1965年美国总统专利制度委员会对软件的专利性是持否定态度的指出“专利保护不适用于软件方面，作为自然规则的软件不应被授予专利，它们属于全人类”。但是1966年，美国专利局不再坚持所有的软件都不可获得专利法保护，允许同硬件结合在一起，并能产生一定效果的计算机软件可获得专利法保护。1968年专利局形式上采用了该方针。1978年初步形成了 Freeman--Walter二步分析法，1981年底根据Freeman--Walter二步分析法制定了审查准则。1989年9月5日专利局签发的文件中正式接受了计算机软件专利，同时又提出了Freeman-Walter-Abele新的审查准则，标志着美国对软件授予专利的工作走向了正轨阶段。而英国则对软件获得专利权采取了较为宽松的审查标准。Et本、德国、我国也规定或通过判例承认了对软件可通过专利法进行保护并制定了相应的审查标准。在这些国家中，随着计算机技术的发展，软件版权保护趋势得到不断的增强，但并未阻碍专利法对计算机软件保护的发展，究其原因在于通过专利法保护软件知识产权，有其自身的特点。

  首先必须明确的是专利权法与著作权法的保护是有所不同的。表现在以下几个方面：

  1．专利权保护的对象“发明”与著作权的保护对象“作品”，两者从性质上讲是不同的。作品是对人的思想、情感的表现，是人格的体现物，其中反映了个性，孕育着无限表现上的可能性，不存在模仿他人作品的必然性。因此著作权法保护的作品必须是表现独立个性的作品。而与此相反，发明是一种技术，技术与作品所属的艺术领域相比，本质上没有个性，是客观的，一旦做出发明，任何人沿着该思路实验，均可以得到相同的结果。其次，正是由于作品与发明的以上的特点，作品的价值不存在绝对的标准，一般而言无法对其经济价值进行衡量；而发明则不然，进行价值判断是可能的，可以用是否速度更快、更耐久、更能以低成本被生产这些标准去衡量。⑧另外，从功能上来看发明的主要功能是为产业发展做贡献，主要推动人类物质文明的进步；而作品的主要功能是为文化发展做贡献，主要推动人类的精神文明的进步。

  2．著作权模式与专利权模式的制度结构具有各自的特点。从保护对象上看：著作权法保护的对象是文学艺术和科学作品，专利法保护的是发明；作品是人的思想或情感的表现，大体而言作品可以分为科学作品和艺术作品两大类，而发明按照日本专利法的规定则是指利用自然规律的技术构思的高度创造，一般包括狭义的发明与实用新型，有的国家还包括外观设计。从保护条件上看：著作权法对作品的条件要求是具备独创性，在有形介质上固定是有些国家的要求；而专利法对发明的要求是具备新颖性、创造性与实用性，并且比较具体而严格。从权利的内容上看：著作权除包括财产权外，还包括精神权利；而专利权则基本上是一种财产权。从保护的绝对性上看：著作权法对作品保护的独占性要比专利法弱，即他人如果碰巧创作出完全同样的作品，只要其是独立创作的，则也会受著作权法保护；而专利法则保护惟一的发明，其他人尽管是独立做出的，只要是同一发明，也不能使用，更不能享有专利权。从权利取得上看：著作权的取得不像专利权那样要求有严格的手续，其权利是自创作完成起自动取得，而且其权利维持也不需要像专利权的维持一样支付维持费。从保护期上看：著作权的保护期要比专利权的保护期长得多。从权利限制上看：专利权一般适用于强制许可，而著作权则一般不适用于强制许可。从制度功能上来看：专利法有着促进公开的作用，而著作权法则不具这种作用，因此专利法更加有利于技术的传播与应用，而著作权法对作品的传播与应用似乎采用了一种中立的立场。⑨

  因此专利法保护模式就具有了与著作权法保护模式不同的特点。

  以专利保护软件的优势在于：①当一项计算机软件发明取得专利权后，专利人在一定的时间、地域内就拥有了对该项软件发明的专有权。从而使发明人可以得到大量的资金回报，同时在控制市场占有及开发后续产品上就具有了更多的优势。对于一些不具实力的小公司，凭借专利技术就能获得不菲的收入，对打破大公司的垄断是有一定的影响的。②专利权的取得，以公开技术方案为前提，当源代码公之于众时，就能让公众有效地避免对已有软件的重复开发，节省社会财力，进一步讲可在一定程度上控制大公司垄断技术。③专利权的保护期限较短，对于软件的保护较之版权法，更具合理性。④专利法较之版权法，有一套完善的鼓励发明创造的机制，更有利于软件技术的创新。⑤计算机软件的核心在于程序，而不在于相关的文档(文字说明)，而对程序的保护更接近于对技术方案的保护，而不像版权法仅保护程序的表达方式。

  但是用专利法保护软件也有其不足之处：①首先对计算机软件的发明专利审查周期长，一般要18～36个月，对一些生命周期极短的软件这种保护就无多大意义了。比如：1982年，美国医生Roger Billings向美国专利局提出“函数式结构分布数据处理系统”的专利申请，耗时5年才得到专利。在这5年中，Novel公司用这项技术为英国的许多用户提供支持，每年因该技术获得的收入占公司年总收入的20％，而Roger Billings却因审查时间过长耽误了获取报酬的极佳时机。②要获得专利权较之获得版权要困难得多。因为各国专利法对专利的审查除规定了严格的实质要件(主要指专利的实用性、新颖性、创造性)，还规定了严格的审查标准和流程，即使具有专利三性的发明也可能由于撰写缺乏技巧而导致得不到授权，致使延误保护的时机。③高昂的专利维持费，增加了软件保护的成本，如美国，在专利有效期17年内，每年要支付$200～$1200的费用以维持专利；且专利在遭到侵权后，即使侵权行为显而易见，但诉讼费、律师费也相当昂贵。④若软件在授予专利后有人提出异议而导致丧失专利权，就会使这种虽未达到专利水平但确实具有某种创造性的技术，现在既不能受专利权保护，又已公之于众，从而使这项技术得不到任何法律的保护。⑤软件的开发与升级都很快，按专利法，每次技术方案改进，都必须重新申请专利才能获得专利保护，这也势必增加软件保护的成本。